El museo se compone de un planetario, un invernadero, un espacio exterior de meteorología, un taller de ciencias, una sala de cine de gran formato y diferentes salas de exposiciones que versan sobre física,matemáticas, astronomía, biología, medicina o geología, entre otras materias.
Además de los experimentos de física recreativa, los visitantes pueden contemplar algunas piezas históricas verdaderas, como una locomotora de vapor del año 1885, un motor diésel marino, o varios antiguos modelos de buques de vapor. La locomotora de vapor se encuentra en la cafetería, pero puede contemplarse libremente desde el exterior del museo, pues está situada junto a una gran cristalera. Esta locomotora tuvo la matrícula de Renfe 020-0235, aunque tras su restauración luce una numeración errónea (207). Es de ancho de vía ibérico (1674 mm) y fue fabricada en Bélgica por la empresa Couillet, siendo diseñada para el servicio de maniobras en estaciones de ferrocarril.
Otra de las estrellas del museo es un auténtico avión supersónico de combate CASA-Northrop F-5, versión AR9, que prestó servicios de reconocimiento en el Ejército del Aire español, y que actualmente llama la atención por su diseño y por la invitación para acomodarse en su cabina.